Dalam rangka melatih life skill siswa SMP N 3 Kalabahi, maka SMP N 3 Kalabahi melaksanakan program non akademis berupa :
- Pramuka
Kegiatan dimaksud untuk membina mental siswa dalam kegiatan kepramukaan yang dilatih oleh pembina pramuka yang sudah mengikuti diklat kepramukaan yang diadakan oleh kwarcab kabupaten Alor
- Palang Merah Remaja
Dalam rangka meningkat pemahaman siswa berkaitan dengan kesehatan remaja dan problematikanya maka kegiatan PMR Estib akan menjadikan sumber inspirasi bagi mereka yang ingin berkarya di dalamnya
- Baca Tulis Al Quran
Al Quran merupakan pedoman hidup bagi umat islam, maka tim Al Quran yang berada di Estib akan berusaha semaksimal mungkin untuk memberantas buta huruf Al quran
- Pembiasaan Pagi
Kebiasaan yang dilakukan setiap pagi sebelum masuk sekolah adalah : baris dan bersalaman kepada bapak/ibu guru agar siswa mendapatkan berkah darinya, berdoa didalam kelah agar apa yang dilakukan mendapatkan ridlo dari yang maha kuasa, menyanyikan lagu indonesia raya untuk menguatkan jiwa patriotisme leindonesiaan
- Pengajian Jumat Pagi
- Sehat Bersama
- Kebersihan Bersama